Aby utrzymać stado kóz w dobrym zdrowiu trzeba po pierwsze zachować dobre warunki higieniczne i bytowe. Na ten temat zostało już powiedziane we wcześniejszych częściach tego opracowania. Skrótowo trzeba przypomnieć, że gospodarstwo musi być usytuowane w miejscu wolnym od zanieczyszczeń i czynników chorobotwórczych. Pomieszczenia, wybiegi i pastwiska muszą być tak przygotowane, aby spełniały wszelkie normy zoohigieniczne, klimatyczne i bytowe.
Jednak w prawidłowo utrzymywanych i monitorowanych stadach może dojść do zachorowania zwierząt. W przypadku zachorowania lub zranienia należy natychmiast zwierze odizolować i przystąpić do leczenia stosując przede wszystkim leki ziołowe i preparaty homeopatyczne. Produkty ziołowe, homeopatyczne i elementy śladowe mają pierwszeństwo przed syntetycznymi medycznymi środkami leczniczymi.
Jeżeli użycie wspomnianych powyżej środków okaże się nieskuteczne dopuszcza się zastosowanie syntetycznych weterynaryjnych środków leczniczych lub antybiotyków. W przypadku zastosowania jednak takich środków należy podwoić okres ich karencji pomiędzy ostatnim podaniem zwierzęciu weterynaryjnych środków leczniczych a wyprodukowaniem żywności metodą ekologiczną, a w przypadku gdy nie ma określonego okresu karencji ń 48 godzin. W rolnictwie ekologicznym nie wolno stosować profilaktycznie syntetycznych medycznych środków leczniczych. Zabrania się stosowania antybiotyków, kokcydiostatyków, oraz hormonów (np. przy wywoływaniu synchronizacji rui).
Przedstawione poniżej leczenie preparatami homeopatycznymi, najczęściej występujących u kóz chorób, zaczerpnięte zostało z publikacji "Biologiczna apteka weterynaryjna" Spielberger U., Schaette R. (1993) oraz "ReVet leki homeopatyczne dla zwierząt" (1996).